La raccolta delle armi del museo ha origine dalla passione per la storia del costume civile e militare che il suo fondatore, Frederick Stibbert (1838-1906), manifestò fino dagli anni della gioventù trascorsa in Inghilterra, dove fu educato.
Figlio di Thomas Stibbert, un colonnello delle Coldstream Guards, stabilitosi in tarda età a Firenze, e di una giovane toscana, Giulia, Frederick visse per tutta la sua vita tra Firenze, dove lo trattenevano gli affetti familiari e la passione artistica, e l'Inghilterra, terra delle sue origini e dei suoi interessi finanziari.
La notevole ricchezza della famiglia traeva origine dall'attività del nonno di Frederick, il generale Giles Stibbert, comandante in capo delle forze della Compagnia delle Indie in Bengala negli ultimi decenni del secolo XVIII, e per alcuni anni Governatore di quella regione. In quegli anni accomulare ingenti patrimoni in India era abbastanza facile e consueto, e la posizione di privilegio del generale gli consentì un veloce arricchimento.
Frederick come ultimo maschio della famiglia, ereditò l'intero patrimonio del padre e degli zii, e non ebbe mai nel corso della sua vita problemi di disponibilità di capitali. Non si sposò e, non avendo eredi diretti, destinò al progetto del museo gran parte del suo impegno personale ed economico.
Già dalla fine degli anni cinquanta dell'Ottocento aveva iniziato ad inviare da Londra e da tutti i luoghi da lui visitati gli esemplari di armi e armature che costituirono il primo nucleo della collezione. La casa della madre, sulla collina di Montughi presto non fu più in grado di contenere le raccolte cresciute così rapidamente e Frederick acquistò in momenti diversi le due proprietà limitrofe, trasformando in un primo momento gli edifici in depositi. Un grande progetto si stava contemporaneamente formando nella sua mente: costituire non solo una preziosa collezione privata ma, in prospettiva,un vero e proprio museo.
I tre edifici che componevano la proprietà furono così rimaneggiati più volte. L'intero complesso fu un enorme cantiere per oltre venti anni, e vi furono coinvolti i più noto architetti, artigiani e decoratori della città.
L'Armeria europea costituiva il settore dominante con ottomilacinquecento tra armi ed armature, principalmente del periodo tra la fine del Quattrocento e l'inizio dell'Ottocento, alcuni preziosi reperti archeologici antichi e altomedioevali.
Stibbert aveva immaginato per le sue collezioni europee una disposizione che richiamasse quella delle grandi armerie dinastiche, ottenuta nella grande Sala della Cavalcata. Gli affreschi alle pareti, realizzati da Gaetano Bianchi uno dei più noti decoratori accademici di moda, garantivano la perfetta continuità tra l'ambiente e le collezioni contenute.
Nel primo periodo di lavoro impostò il metodo di allestimento alle sue collezioni, che prevedeva il montaggio delle armature su manichini in gesso e cartapesta, spesso su cavalli. La realizzazione era estremamente meticolosa, e ancora oggi i manichini si mostrano in tutto il loro realismo. Gli artigiani lavoravano talvolta esclusivamente per lui, per cui intorno alla collezione si organizzò un vero e proprio atelier , in cui sotto la sua supervisione si effettuavano i normali interventi di manutenzione, restauri e rifacimenti.
La creazione della collezione si sviluppò nel corso degli anni seguendo il processo di maturazione collezionistica di Stibbert. Nei primi anni, tra il sessanta e l'ottanta, gli acquisti erano indiscriminati, dettati dal desiderio di incrementare al massimo le raccolte. Stibbert era attratto indistintamente da armi europee, orientali e giapponesi. Anche se gli oggetti europei costituivano ancora la parte più consistente degli acquisti, è interessante segnalare il suo interesse marcato per le armi del Medio ed Estremo Oriente, per le quali spendeva già cifre consistenti. E se per gli oggetti era più stimolante il mercato internazionale, soprattutto inglese e francese, Firenze rimase la piazza di approvvigionamento principale per i pezzi islamici.
Più tardi, dopo la costruzione degli ambienti della villa destinati all'armeria e a seguito del conseguente lavoro di riorganizzazione delle collezioni, gli acquisti si fecero più oculati. La cifra spesa era sempre altissima, ma la qualità degli oggetti fu selezionata con maggiore attenzione e gran parte dei lavori di replica o di rimaneggiamento degli anni precedenti furono eliminati per lasciare spazio a scelte più rappresentative. Stibbert era ormai accettato nel numero dei grandi collezionisti, e scelse sempre più spesso i grandi antiquari e le aste più prestigiose per gli acquisti.
I nuovi locali davano spazio anche alle collezioni medio-orientali, per le quali Stibbert realizzò addirittura la Sala Moresca, affidando nel 1889 a Michele Piovano gli stucchi a imitazione dell'Alhambra che dovevano ambientare degnamente gli oggetti per i quali la sua passione aumentava sempre di più. Probabilmente anche le sue ascendenze familiari, il ricordo delle gesta del generale Giles in Bengala, dettero impulso a questa estensione dei suoi interessi verso aree geografiche extraeuropee. Né fu estranea a queste scelte la contemporanea attenzione che si rivolgeva in tutta Europa alle manifestazioni di arte islamica e indiana.
Negli ultimi anni della sua attività Stibbert si dedicò soprattutto alle raccolte giapponesi, il cui incremento fu vertiginoso dopo il 1890. La riapertura del Giappone ai mercati occidentali, alla fine degli anni sessanta, favorì una nuova circolazione di materiali artistici. In questo caso furono soprattutto i mercati inglesi a sottoporre con sempre maggiore frequenza esemplari di interesse altissimo, per i quali Stibbert era disposto a pagare, come al solito, cifre elevate. Le 1400 armi islamiche insieme alle altrettanti giapponesi porta a circa 12.000 il numero complessivo dell'armeria.
La figura collezionista di Stibbert assume impostanza non solo per la ricchezza della raccolta, ma per la capacità di apprezzare i molteplici suggerimenti e per la volontà di proporre il confronto delle tipologie sia all'interno della stessa area geografica che tra le diverse provenienze. Possiamo certamente affermare che il suo "progetto museale", sul quale ha riversato "tante cure e fatiche" risulti oggi perfettamente riuscito.